2002年10月，温福铁路工程项目获原中华人民共和国国家计划委员会批准立项，途经温州市设站。2005年10月18日，温福铁路苍南段工程全面动工兴建，途经苍南县灵溪镇设苍南站。 2009年9月8日，苍南站接受沿海铁路浙江有限公司竣工验收；同年9月28日，随着温福铁路通车，苍南站正式开通运营；同年12月20日，苍南站开行始发动车。2017年11月20日，浙江省第一列复兴号列车在苍南站首发。2018年10月，苍南站改扩建工程可行性研究报告获中国铁路总公司批复，工程总投资估算6亿元。2019年2月13日，苍南站改扩建工程启动 ；同年11月20日，第二批电子客票应用推广工作启动，苍南站将告别纸质车票，迈入电子客票时代。