其站内规模为2台6线，客流流动方向为下进下出，车站接发列车日均约60列。由于原有的昌图站老站房由于候车室容量小（仅有50余座椅，站房仍为1894年修建）远不满足昌图站实际需求，致使大部分旅客均在室外候车，2003年，昌图站站房及站内股道改造工程启动，2004年初，昌图站新站房正式投入使用。2006年5月，京哈铁路昌图-双庙子-四平区间开始大改造，由原有的“S型”展线改为直线段，整个线路缩短2.6km，普通列车的最高速度由70km/h提高到近160km/h，列车的通过能力大大提高，昌图站及站内股道改造为京哈铁路既有线上开通CRH动车组起到关键性作用。2015年，昌图站2站台6道实现了电气化，届时昌图站列车接发能力得到提升（2条正线及3条到发线，到发线有效长度1050m）2018年4月15日-5月2日期间，昌图站已进行为期半个月的高站台改造。目前，昌图站已改造完毕，改造后的昌图站拥有两座550m长的高站台，下行到发线1条（3道），下行正线1条（1道），上行正线1条（2道），上行到发线2条（4道及6道），专用线1条（8道）。