2012年11月22日，《巢湖东站枢纽建筑设计项目》进行公开招标工作。2013年7月5日，巢湖东站进行高铁枢纽一体化规划与设计的招标工作；11月10日，巢湖东站打下第一根桩基，车站动工兴建。2014年11月18日，巢湖东站完成站房主体建设工程，并进行站台照明设备安装工作；12月17日，巢湖东站完成车站铭牌挂设工作。2015年6月27日，巢湖东站召开运营新闻发布会，就车站的基本情况进行说明；6月28日，巢湖东站投用运营。巢湖东站站房共设两层，正立面方向中部为进站口和候车厅，右为售票厅，出站口位于站房一层，左右两侧各设有自动扶梯至二层候车大厅；站房幕墙采用钢化玻璃、仿石铝板两种材质组成；内设跨线天桥、出站地道，其进出站流线采用上进下出方式；站场内部站台为岛式站台，设有站台雨棚、标识牌、视频监控等。