丹阳站分为南北两个站房，其中，北站房综合楼为地上一层，局部两层。北站房旅客候车在一楼，站房内有二座8米宽的地道，乘车旅客在检票后，通过西地道至站台乘车；下车旅客通过东地道出站，西边的出站地道与既有站房地道相通，供下车旅客出站使用；南站房为主体两层、局部三层，其中站房底部为架空层，旅客候车厅分布在一层中部。架空层中部为商业区，东侧为出站口，西侧为售票厅。丹阳站站场与南北两个站房设有地道连接。截至2018年1月，丹阳站南站房主体长118.9米，宽44.8米，建筑高度为19.75米。站房通过使用幕墙为花岗岩加玻璃加铝板，增加中国红作为点缀，以体现“丹凤朝阳”的建筑意向。  丹阳站南站房总建筑面积9300平方米，候车厅面积近1300平方米，设有500张座椅，可同时容纳1000人候车。