1969年，焦柳铁路北段原称焦枝铁路（焦作--枝城）动工兴建。1970年，焦枝铁路建成通车，邓县站同期建成营运，时属郑州铁路局洛阳铁路分局管辖。1988年，邓县撤县改称邓州市，自此邓县站改名邓州站。2005年，全路裁撤铁路分局建制，邓州站隶属郑州铁路局南阳车务段管辖，现为二等站。