截至2007年，穗深城际铁路规划线路初步成型，东莞市西部设置枢纽站衔接其它轨道线路。2008年，穗深城际铁路开工建设，规划路线站点曾一度由途经望牛墩镇调整为途经洪梅镇。2009年，广州（东莞）至惠州城际轨道交通项目开工建设，拟从穗莞深城际铁路洪梅站分离出莞惠线路。2010年，穗莞深城际铁路洪梅站取消枢纽设计，改为在麻涌站接轨互通佛莞城际铁路和莞惠城际铁路。2011年，为避免铁路过度切分城镇、以及为东莞地铁1号线高架段预留空间，东莞市政府提议取消广莞惠城际铁路并入穗莞深城际铁路的联络线工程。2012年6月6日，穗莞深城际铁路取消麻涌站，站点改为望牛墩镇与洪梅镇交界处，同时，拆分广莞惠城际铁路莞惠段，莞惠城际铁路与穗莞深城际铁路在望洪枢纽站呈十字形立交叉上下换乘 ；8月7日，东莞市政府同意在望洪站设佛莞城际铁路与穗莞深城际铁路接轨的西南联络线。2014年，佛莞城际铁路望洪站枢纽开工建设。2017年，望洪站改名为东莞西站 ；10月14日，东莞西站站前广场开建 ；12月28日，东莞西站竣工 。2019年12月15日，东莞西站正式营业，为穗深线和广惠线莞惠段客运站 。