1957年，成立东乡线路。1973年改为东乡中心站，管辖刘家站至梁家渡站区域的13个中转站。1979年，中心站撤销，东乡车站隶属上海铁路局南昌分局向塘车务段，站内设8条轨道，为客货运三等站。1996年，因京九线的开通，铁道部将南昌铁路分局从上海铁路局的管辖中脱离。同年8月成立南昌铁路局，东乡站属之。2005年，全路裁撤铁路分局实行站段直管，东乡站改属南昌铁路局南昌车务段管辖。2006年，浙赣铁路电气化改造，为适应开行时速200km/h动车组的需要，浙赣东乡段曲线半径由1000米左右拉缓至2600米左右，东乡站也整体迁移新建，并于2006年3月7日正式启用。2006年3月20日，南昌铁路局南昌车务段撤销，3月20日18时起，东乡站交由上饶车务段管辖。2009年，为适应东乡发展，南昌铁路局与东乡县政府签订东乡站改扩建协议。新东乡站新站房工程总投资1950万元，按二等站标准设计建设。2010年2月7日上午9时，东乡站新站房正式投入使用。东乡站新站房面积3994平方米，设有售票厅、候车厅和出站口。其中，候车厅分为普通候车室、母婴候车室和贵宾室，共设有15个检票通道。东乡站站房是浙赣线上面积最大、功能最完善的三等站站房。2011年11月，南昌铁路局站段拆分重组，再次设立南昌车务段，东乡站由上饶车务段划入南昌车务段管辖。