敦化站建于1928年。2001年10月30日，原有寺庙外观的火车站建成正式启用。2013年10月10日，拆除原有火车站的铁轨站台以及相关设施，建设新站临时通道，同时新火车站正式启用，作为普速场使用，老站关闭。2015年9月20日，长珲城际铁路正式通车，同时敦化站正式启动高速场。2015年9月21日，老站站房采用定向爆破拆除，预留土地建设站前广场。敦化站是长珲城际铁路、长图线以及未来沈佳高铁的交会处，为延边州首个开通新建高铁的车站，长珲城际铁路开通过后为延边州第三大站。占地面积840785平方米，分为普速场和动车场，共有4站台11线。