2003年，遂渝铁路正式开工建设，途经合川区设合川站。2005年4月，合川站主体工程竣工。2013年7月，合川车站新建站房改造工程开工建设。2014年9月，合川站改造完成的站房正式投入运营。2015年3月，合川站站前广场改造工程开工建设。2015年9月，合川站站前广场改造工程完成主体工程完工。2020年6月20日，合川站推广实施电子客票。