2012年10月，怀化南站正式确定设计方案，怀化南站正式开工。2013年6月，怀化南站主体工程基本完工 。2014年11月，怀化南站进入站场工程最后冲刺建设阶段；12月16日，怀化南站正式开始运营。2015年3月，怀化南站扩建工程启动，怀衡场开工。2018年12月26日，怀衡铁路开通运营，怀化南站怀衡场同步启用。2019年12月10日，怀化南站将实施电子客票。怀化南站充分利用低洼地形现状设计地下两层建筑和站前广场，突出怀化南站站房“鹤翔”主题，站房为中心的车站建筑（站房和广场）分为地上部分两层和地下两层，实现枢纽交通“无风雨换乘”。