2006年9月10日，呼和浩特东站开工奠基。2010年12月25日，呼和浩特东站开办客运业务。2011年2月28日，呼和浩特东站正式投用。2016年2月，呼和浩特东站进行改造扩容。2016年8月，呼和浩特东站北场各项施工顺利完成，2016年8月25日起正式启用。2017年10月，呼和浩特东站开启“刷脸”进站模式。2019年12月18日，呼和浩特东站开始实行电子客票业务。2019年12月29日，呼和浩特地铁1号线开始初期运营。呼和浩特东站整体设计布局由客运站房、站台风雨棚、铁路站场、高架人行平台以及站前高架公路桥、地下人行通道、停车场和客运广场组成。呼和浩特东站采用高架候车与线下出站布局方式，即“上进下出”的形式，将车站分为高架层、站台层、出站层三个层面。 呼和浩特东站售票厅共设30个售票窗口，候车大厅面积比呼和浩特站大近5倍。