江宁站站房屋顶采用悬挑、上翘形式设计，体现了车站接近江宁大学城和大学城积极向上的风貌，其中站房基础为钻灌注桩，主体结构为框架结构，屋面采用空间网架钢挑檐形式，雨棚采用钢管混凝土柱单侧悬挑焊接箱型钢梁结构体系。截至2013年7月，江宁站站房建筑面积3450平方米，高19米。截至2014年3月，江宁站为平面结构，其中，售票处位于站房南侧，设有3个人工售票窗口；候车室位于站房中部，设有安检处、候车座椅和进站闸机；出站口原位于站房北侧，候车室内开辟出站验票区域。 江宁站的开通运营使得江宁区在招商引资、文化旅游方面，拥有了一张有力的名片。