2009年6月，嘉善南站完成软基管桩基础建设工作。 2010年3月8日，嘉善南站正式开工建设。 6月，嘉善南站主体工程基本完工。10月26日，沪杭城际铁路通车，嘉善南站投用运营。截至2010年10月，嘉善南站总建筑面积共4998平方米，高22米。嘉善南站约1800平方米的候车大厅，高峰时可容纳700人候车。外墙以灰色和白色为主色调，大块的落地玻璃立面让整个车站看起来通透。屋顶设计采用了网架结构设计，覆以铝镁锰金属板，并加上了8.5米宽的飘檐。嘉善南站的广场85%面积铺砖，15%为绿化，还有景观石、景观立柱。