2004年，嘉善站候车室主站房，站前广场进行改造装修；站前广场改建街心式花园广场，增设公交站。2006年2月11日，嘉善站新行车信号启用。6月24日，嘉善站至梅陇站的专线列车停驶。2006年12月30日，沪杭铁路更名为沪昆铁路，嘉善站中心位置改为沪昆线92千米207米处。2019年11月，嘉善站正式启动改造，以配合嘉兴站的提升改造工程；2020年1月9日，嘉善站改造已进入管道铺设阶段；原计划3月1日建成启用临时候车室，但受2020年新型冠状病毒疫情影响，工程延期了一个多月。2020年2月22日上午10时03分，由嘉善县定制的首趟务工人员返善专列从云南省昭通市准时发车，开往嘉善站。2020年2月25日，嘉善站改造项目正式复工，5月6日启用。2020年5月6日，嘉兴站停办客运业务，正式闭站进入施工阶段；同日，嘉善站临时候车厅正式启用。2020年6月20日起，嘉善站实施电子客票。