2013年11月6日，旌德站站房工程开始动工建设。2014年6月，旌德站站房工程主体完成封顶 。2015年5月11日，旌德站售票厅、候车厅和进站口等标识牌完成安装，站房内的地面、墙面的装修装饰工程完成；6月28日，伴随着合福高速铁路开通运营，旌德站投入使用。2019年11月12日，旌德站启动电子客票应用实施推广工作。 旌德站站房为线侧平式站房，站房主体为2层，包括售票大厅和候车大厅在内的车站综合楼，站台前端为落客平台，站房两侧为车道及停车场。旌德站站前广场位于站房正前方。站前广场四周是站前环路，用于车辆的出入和停靠下客。环路的两侧是停车场，其中广场北侧是县城长途客运站和公交换乘中心，南侧是社会停车场。