2001年，中国政府决定在福建省决定建设一条城际间快速铁路通道——福厦铁路，途经福建省泉州市设站。2004年07月，经中华人民共和国国务院批准，福厦铁路正式立项，途经福建省泉州市晋江市设站。2005年9月，福厦铁路全线开工建设，在福建省泉州市设晋江站。2010年4月26日，福厦铁路竣工通车，晋江站投入使用。2019年12月30日，晋江站开始推行电子客票，旅客无需取票，刷证即可乘车。