2014年3月，牟平站桩基础正式开建。7月，牟平站完成站房主体框架基础工程。11月27日，牟平站完成了全部12个项目的测试工作 。11月28日，牟平站进入运行试验阶段。12月28日，牟平站开通运营。2020年1月，牟平站取消纸质车票，实施了电子客票应用。牟平站为线侧下式站房车站，站房分为A、B、C三个区域，其中A区为售票大厅，B区为候车大厅，C区是办公区及设备区域。B区是三个区域中面积最大的，A、C区为两层。站房位于线路右侧，车站设有旅客地道、车站地道扶梯、相关地道口放、落客平台等，站房综合楼包含旅客候车，售票，车站办公，公安值班、信息、信号、通信用房及车站电力和配套功能用房；站台风雨棚为单柱两侧悬挑式。