南靖站投入使用，结束了南靖县未通铁路的历史，对接闽南和闽西，方便游客到南靖土楼旅游。南靖站借用闻名于世南靖土楼，整体造型由一大两小圆柱形的“土楼式”建筑构成；个圆楼外楼身都将铺上类似土楼颜色的霞红色花岗岩。建筑造型采用三段式对称布置；中部与两侧通过两个小的塔楼连接，采用了当地传统的建筑元素作为主要元素，将中部与两侧和谐地衔接到一起。截至2018年9月，南靖站建筑面积5470平方米，基本站台宽9米，建筑高度19.3米，共有一层（局部两层），侧式站台宽6.5米，站台长度550米，两个站台均设无站台柱雨棚共10106平方米，最高聚集人数800人。