南岔车站始建于1939年11月17日，绥佳线神树-南岔段开始营业，南岔-汤原段1940年5月1日开始临时营业，1941年11月正式营业。隶属满铁哈尔滨铁道局管理，初任站长为日本人西恰龙。1945年3月汤林线南岔-伊春段通车，1945年8月光复后，12月被北安铁路管理局接管，1949年隶属哈尔滨局绥化铁路分局，1953年划归佳木斯铁路分局，1958年改由哈尔滨铁路局直属，1959年又划归哈尔滨铁路局佳木斯铁路分局南岔办事处，1963年重新划归佳木斯铁路分局，1977年改为现名“南岔”。2007年有干部职工637人。下设运转、客运、货运三大车间，2007年日均办理接发列车146列、6300多辆，年发送旅客61万多人次，客运收入2 200多万元,发送货物15万吨，运输收入14980万元。2019年，南岔站日均发送旅客1700人，调车作业300钩。2020年6月20日起，南岔站与佳木斯车务段管内四十座售票车站一起步入电子客票时代。