2007年11月24日，原向莆铁路（现昌福铁路）江西段开工，确认沿线设置南城站。2010年12月，原向莆铁路（现昌福铁路）铺轨至南城站。2011年6月18日，南城站动工建设，并举行开工仪式。2013年5月，南城站站前东路日前建成投入使用；同年9月26日，南城站投入运营。 截至2013年10月，南城站站场规模为2台5线，途经该站的主要线路为昌福铁路。截至2017年1月，南城站售票处设置有两台自动售票机、两台自动取票机，进出站都有6台闸机。