平果站始建于1995年。2015年1月，平果站在原址重建，12月11日，平果站启用。平果站站房长123米，宽37.1米，最高16.5米，整个站房面积约6000平方米。平果站地上二层，地下局部一层，地上部分带有夹层楼。平果站站场规模为4台面6站台11线股，其中云桂车场（高铁）为3台面5站台，南昆车场（普铁）为1台面1站台。