齐齐哈尔南站以飞翔的丹顶鹤为主要设计元素，体现了城市的特色。截至2015年8月，齐齐哈尔南站占地面积5万平方米，建筑面积67962平方米，其中站房规模29957平方米。齐齐哈尔南站站房设计地下一层，地上二层，局部四层，地下一层由出站口和停车场组成；地上一层由候车厅、售票厅、餐饮区及进站通道、落客平台组成；二层由候车厅和天桥组成。地下室部分顺接新建出站地道，旅客出站可乘电梯至齐齐哈尔市新建车站广场，二楼候车室旅客可由进站天桥进站。