2002年10月，温福铁路工程项目获原中华人民共和国国家计划委员会批准立项，途经温州市设站。2004年12月26日，温福铁路浙江段正式动工建设，途经瑞安市设瑞安站。2009年9月11日，瑞安站站房工程通过验收；同年9月28日，随着温福铁路通车，瑞安站正式开通运营。2019年11月20日，长三角第二批电子客票应用推广工作启动，瑞安站将告别纸质车票，迈入电子客票时代。