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商合杭高速铁路自商丘站东端引出南折,沿既有京九铁路经亳州新设亳州南站,过太和县东侧西跨越京九铁路在阜阳市区西新设阜阳西站,出站再跨京九铁路后折向东,基本沿合淮阜高速公路走行,在淮南市山南新区设淮南南站,而后沿合蚌客运专线引入合肥站,同时沟通合肥南站,出合肥站后,利用既有线经肥东站取直至合福高速铁路的巢湖东站,于既有芜湖长江大桥上游3.5千米处的弋矶山跨长江引入芜湖站,之后与皖赣铁路改造扩能新双线共线至宣城站, 而后在既有宣杭铁路以南经广德、安吉引入湖州站,再利用宁杭高速铁路至杭州东站。商合杭高速铁路合肥至杭州段开通后,将推动皖北区域城市群形成,同时将与长三角城际铁路网形成互联互通,对加强中、东部经济联系具有十分重要的作用。