2012年7月，深圳坪山站高架桥段开工建设；12月，站房主体工程动工建设。2013年6月，深圳坪山站进行铺轨作业；8月，全站完成铺轨和主体站房工程；12月28日，车站随厦深铁路开通运营。2015年9月1日起，深圳坪山站开行深圳市境内市郊列车。2017年1月5日起，深圳坪山站开行深惠汕三市城际列车。2019年12月10日，深圳坪山站实施电子客票。