1998年，随着城市的发展和变迁，且原火车站站房破旧，遂拆除日俄时期修筑的火车站，在原车站旁新建站房。1998年12月25日，新建的站房正式投入使用，并更名为沈阳南站，新沈阳南站成为苏家屯区的新地标。2010年1月28日，原铁道部决定将哈大、沈丹两条客运专线的重要节点——沈阳新客站命名为沈阳南站，原沈阳南站改回苏家屯站。2012年，苏家屯站引进了综合自动化（CIPS）技术，实现实现数字化和智能管控。