2009年4月9日，铁道部工程设计鉴定中心常务副主任周孝文率专家组一行来到婺源县，对京福高速铁路婺源段线路走向、婺源火车站设置作最后的现场勘查认证。2014年9月，婺源站完成站房主体建设。2015年6月28日，婺源站通车运营。2019年1月5日，中国高铁运行线路进行调图，婺源站增开去往杭州、西安、杭州、南京、三明、上海、九江、景德镇等方向10对高铁列车。2019年12月30日，婺源站开始推行电子客票，旅客无需取票，刷证即可乘车。婺源站设有两个站场：合福场为2台5线2条正线，衢九场为2台5线2条正线；两场之间设有联络线，九江与福建之间的方向无需换向。婺源站途经线路有京福高速铁路、衢九铁路。