2000年，香港特别行政区政府发布《铁路发展策略2000》，规划提出兴建高铁香港段（今广深港高速铁路香港段），线路止于九龙区，设大型客运站。2007年，根据香港运输及房屋局规划，香港西九龙站选址于西九龙文化区，主要原因有三点：一是西九文化区毗邻多条铁路线和公路干线；二是车站与西九文化区相互融合；三是配合西九龙发展成重要的商业中心。2008年，香港特别行政区行政会议决定在西九龙文化区建设香港西九龙站。2010年，香港西九龙站设计方案公布。2011年，香港西九龙站正式动工建设。2017年11月18日，广东省政府与香港特别行政区政府签署了《内地与香港特别行政区签署关于在广深港高铁西九龙站设立口岸实施“一地两检”的合作安排》。2018年4月1日，广深港高速铁路试运行，香港西九龙站进入调试阶段；同年6月14日，香港特别行政区立法会通过《广深港高铁（一地两检）条例草案》，确定在香港西九龙站实施“一地两检”通关程序；同年9月1日至2日，香港西九龙站举行对外开放活动；同年9月4日，香港西九龙站内地口岸区正式启用；同年9月10日，香港西九龙站开售香港至中国各地高速列车车票； 同年9月20日至2018年9月22日期间，香港西九龙站暂停售票；同年9月23日，广深港高速铁路香港段开通运营，香港西九龙站正式运营。