新化南站属中型站，车站中心里程为CK216+700。车站由站房与站台雨篷组成，站房在线路的右侧，站坪位于0.1%的坡道上。设到发线2条，450x8x1.25m侧式基本站台两座。站台与站前广场地面高差约为6.6m，站房采用线侧式布局，进出站流线采用平进下出模式。站房最高聚集人数2500人，高峰小时旅客发送量（单向）500人，单日设计发送最大客流量为5000人次以上。新化南车站与外围交通联系主要依靠环形城市主干道、次干道与S312省道相连。车站与市区的引入道路在规划用地范围内形成城市环路，加上东西方向的联系道路，形成环状道路系统。