温州市境内的8个站点中，雁荡山站是唯一的纯客运服务中间站、旅游终点站，站房设计方案立面构思取自“秋雁宿之”之意，整体建筑呈古典特色，和周边秀丽的风景融为一体。站房主体总长188.6米，总宽36.0米，建筑面积为5000平方米，内部装修已基本完成。旅客进入候车大厅后，再穿过地下通道，就可到达雁荡山站月台，站台外边是一片滩涂，可见雁荡山小镇美景和平原农田。