云梦东站为线侧平式站房 ，车站建筑层数为3层，其中主体2层，地下局部1层，建筑总高度为23.5米。高架层为进站层与站台层，设有落客平台、售票厅、进站口和站台；地面层为到达层；地下为商业层。站前广场北侧为公交停车场和城乡换乘中心。云梦东站站场规模为2台6线，其中正线2条，到发线4条，站台雨棚为有站台柱雨棚。途经云梦东站的线路为武西高速铁路、武孝城际铁路。