枣庄东站始建于1912年，被当地人习惯称为“老火车站”，中国第一家股份制企业——中兴煤矿公司在此成立，为了便于煤炭运输，中兴公司修建了中国首条商办铁路枣庄至临城（今枣庄市薛城区）铁路和枣庄经台儿庄至邳县（今江苏省邳州市）铁路，连接着津浦线（今京沪线）和陇海线。枣庄经台儿庄至邳县（今江苏省邳州市）铁路，因第二次国内战争，为阻止国民党军利用枣台铁路运送兵员进攻解放区，组织群众将其全部拆除，后未再修复。枣庄东站始属津浦铁路车务处兖州分段，1920年改属临城车务分段，1933年属滕县分段管辖，1938年10月19日被日军侵占。1945年毁于战火，1957年重建，营业后归徐州车务一段。1959年枣庄东站属薛城中心站，1972年9月1日始属薛城车务段。1992年改为枣庄车务段，2005年6月9日撤消枣庄车务段，划归徐州车务段。枣庄东站在2004年4月18日大提速站中，取消了枣庄至薛城57011/2次、枣庄至徐州的7803/4次、枣庄至上海西545/6次列车，从而停止了大半个世纪的客运业务，至此渐渐淡出人们的视野。2006年，更名为枣庄东站。2006年5月17日划归济南铁路局兖州车务段管辖。2008年随着枣临铁路的建设，枣庄东站又重新进入了人们的视野。2016年3月12日开始，枣庄东站开始进行升级改造工作，将会逐步针对候车室的内外装修、安检、售票和站台加高延长等方面进行改建工作。枣庄东站于2016年5月15日重新开通客运。2017年11月4日，济南铁路局更名为中国铁路济南局集团有限公司。因此枣庄东站改为中国铁路济南局集团有限公司兖州车务段管辖。