2006年3月20日，南昌车务段撤销，樟树站属宜春车务段管辖。2006年底，为适应第六次大面积提速调图对铁路运输管理工作的需要，按照铁道部的要求，沪杭线、浙赣线、湘黔线、黔桂线贵定到贵阳段、贵昆线合并更名为沪昆线，自12月31日18时起实行统一贯通里程。2010年12月1日，南昌车务段再次成立，樟树站再属南昌车务段管辖，现为三等站。