2014年12月16日，随着沪昆高速铁路长沙至新晃段开通运营，芷江站投入使用。2019年12月10日起，芷江站实施电子客票，旅客直接刷二代身份证等有效证件即可进站乘车。芷江站站房设于线位南侧，站坪坡度为平坡。芷江站站房中间为进站大厅，右边为售票厅，左边为出站口 。芷江站在站同左位置设列车保养点。芷江站西停车场作为城市公共客运车辆专用停车场，用来停放公交车和出租汽车。芷江站站场规模为2台4线，设到发线2条，正线2条，侧式站台2座。芷江站两端咽喉区各设1组渡线组成“八字”渡线。芷江站保养点内设大型养路机械停留线、确认车停留线各1条。途经芷江站的线路为沪昆高速铁路。