1915年，昌平站建成，为京包铁路和京通铁路上的三等火车站 。2016年11月1日，昌平站为配合京张城际铁路修建和站场改造，停办客运乘降业务。2018年1月15日，昌平站改造第一步过渡工程，京包改建线开通，为京张铁路正线施工提供条件 ；5月，昌平站停办货运业务，开始封站改造；8月17日，昌平站改造第二步过渡工程启用，京通改建线、京通京包联络线开通，昌平站信号楼、七间房线路顺利投入使用。2019年1月16日，昌平站改造第三步过渡线路拨接、计算机联锁改造顺利开通。昌平站西侧站场及沙河昌平第三线开通，为东侧站场施工空出场地 ；5月15日，昌平站第四步过渡施工开通，站场东侧全部线路开通，计算机联锁设备顺利开通，至此昌平站站内线路全部开通，成为京张高铁首个全站开通的车站  ；10月，昌平站“试跑”，进行联调联试；12月30日，京张高铁正式通车，昌平站亦正式重新开通客运业务 。