敦煌站站房设计充分考虑了敦煌市的历史传承和文化底蕴，将敦煌地域文化特色与现代建筑风格有机融合起来；敦煌站建设风格集历史、文化、科技、绿色为一体 [11-12]  ；对应于敦煌及莫高窟“兴于汉魏、盛于隋唐”的历史及文化特征，敦煌站房造型设计追求时代风貌，同时建筑形象兼具汉代建筑“质朴强健”与唐朝建筑“雍容开朗”的风格韵味。在建筑体量与细部设计中也融合了石窟艺术的风格。截至2008年7月，敦煌站站房工程总建筑面积10865平方米，站前广场设计总面积5万平方米，并设有36米大跨度全钢结构无站台柱风雨棚，敦煌站设计日实际接发旅客能力为8000人 。截至2016年8月，敦煌站设置了2台自动售取票机，3个售票窗口。敦煌站是敦煌铁路的标志性工程，建成后将成为甘肃省第二大火车站；敦煌站建成后将成为西北地区第一个拥有无站台柱风雨棚和旅客高站台的车站，客运硬件设施达到全国先进水平。