海门站离市中心约4公里，位于海门市长江路北延段与336省道绕城段交界口北侧，宁启高速公路南侧，设计面积8000平方米，工程投资估算8100万元。按照规划，旅客发送量为每年250万人次，设计年货物运量近期为45万吨，远期为90万吨。宁启铁路全线设南通东站、海门站、临江站、启东站、吕四站等5个车站。2020年4月9日，南通港通海港区至通州湾港区铁路一期工程按计划破土动工，自宁启铁路海门站，终点通海港站，正线全长24.48公里。