合浦站是邕北线、钦北线上的一个已开通客货共用火车站，位于县城还珠南路尽头，为线侧平式站房，共二层，站房建筑面积5971平方米，站房设计最高可容纳600人。车站分为中部候车厅一层、两侧功能用房两层，屋面挑檐最高度20米。车站设计规模为两站台面7线，采用两站台夹五线布置形式，并设8.0米宽旅客进、出站地道一座。