2008年7月，惠山站开工建设。2009年3月，惠山站站屋建筑设计方案确定。2010年7月，惠山站开通运营。2019年7月，惠山站实施电子客票。2020年4月，惠山站区实施透绿工程。截至2009年5月，惠山站是线下车站，设有人工窗口及自动售票机，站屋内部功能结构主要分为售票区、等候区、办公区及公共服务设施区；一层（站厅层）为非付费区之车站大厅，夹层平面主要为乘客候车区，候车区各以两座电扶梯与一座楼梯通达月台层；北上与南下的等候区之间由一座悬吊于大厅中的空桥连接 ；惠山站拥有宽阔的站前广场，在广场中央有座“时空穿梭”的雕塑 。