1996年，建瓯站建成，隶属上海铁路局福州铁路分局管辖。1997年，横南铁路（浙赣线横峰站——外福线南平南站）建成通车，建瓯站启用。2004年5月，福州铁路分局整建制划归南昌铁路局，建瓯站改属南昌铁路局福州铁路分局管辖。2005年，全路裁撤铁路分局后，建瓯站改属南昌铁路局南平车务段管辖，现为三等站。在中国铁路第六次大提速过程中，铁道部决定将部分铁路老线进行更名，并于2006年12月31日18时起实行统一贯通里程，横南铁路、外福铁路（鹰厦线来舟站属下的外洋站——福州站）南平南-福州段正式更名为峰福铁路。