吉林站拥有东、西两座站房及高架候车室、城市候机楼、无柱高架雨棚、高站台、地下通道和无障碍电梯等人性化设施，总建筑面积229110平方米，站房的总建筑面积为53821平方米，最多可同时聚集6000人。吉林站站场总规模为8台14线，自西向东依次为普速车场(3台5线)、高速车场(5台9线)，并没有设机走线和通过线。