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吉永泉铁路位于赣中南和闽西南地区,线路自吉安至兴国段利用既有京九线,此次评审的新建线路由江西省赣州市兴国县引入,经于都、宁都、石城,然后进入福建省三明市宁化、清流、明溪、三明、永安、大田,再经德化、永春、安溪、南安等市县,终至泉州市。至南安后余后,线路客货分线,客线跨越晋江接入福厦铁路泉州站,南安至惠安新建货线接入漳泉肖铁路惠安站。