2009年4月，昆山南站动工建设。2010年7月1日，伴随着沪宁城际铁路开通运营，昆山南站投入使用。2011年5月，昆山南站站房建设主体工程完成；同年6月30日，伴随京沪高速铁路的通车，昆山南站京沪高速场投入使用。2015年12月，昆山南站候车室进行升级改造工程。2016年8月15日，昆山南站升级改造工程基本完成候车室部分改造。2017年1月10日，昆山南站完成改造工程，新候车室投入使用，转换进出站口。