2013年10月，南陵站动工兴建。2014年3月，南陵站完成站房、雨棚、承台及地道基础工程建设。2015年6月28日，南陵站开通运营。2015年12月6日，南陵站站前广场绿化无缝覆盖工程正式开工。2016年3月，南陵站停车场扩容工程、绿化无缝覆盖两个项目竣工 。2016年4月27日，南陵站完成站前广场改造工程。2018年9月27日，南陵站启用专用出站口。2019年11月12日，南陵站启动电子客票应用实施推广工作。南陵站位于南陵县三里镇，由于南陵县素有“芜湖米市，南陵粮仓”之美誉，因此南陵站设计方案取义于“粮仓”，建筑形体简洁有力，设计采用了白色石材、金属屋面、墙面浮雕等建筑元素，同时站房把徽州地区的传统民居建筑元素融入到现代建筑中整体以重构的马头墙为主要形体造型，在建筑色彩上重视黑白失点线面的有机构成。