兖州南站站房建筑面积27055平方米，站台规模为2台4线（预留6线），车站位于市区范围，济宁轨道交通一号线，三号线在此交汇，北部通过西浦路和济微高速公路串联济宁新机场，同时距普铁兖州站有不到20分钟车程，交通便利，是综合性的枢纽换乘车站，是鲁南高铁沿线建筑规模最大的县级站。兖州南站采用上进下出的模式，设进站天桥，出站地下通道各一座，建筑高度30米，地上三层，一层为出站通道及商业建筑，二层是进站通道及vip候车室以及售票厅，三层是114米宽的候车大厅，地下一层为轨道交通层，站前广场面积约为9.5万平方米。