2002年10月，《漳潮铁路预可行性研究报告》完成编制，拟建漳州至潮州铁路，途经漳州市设站。2004年7月，中国沿海铁路规划出炉，漳潮铁路纳入沿海铁路厦深段，途经漳州市设站。2005年4月，厦深铁路线路规划确定，途经漳州市龙海市设漳州南站（现漳州站）；同年7月，根据《龙岩至厦门铁路预可行性研究报告》，龙厦铁路在漳州南站与厦深铁路接轨。2006年12月，龙厦铁路开工建设，通过漳州南站接入厦深铁路。2007年11月，厦深铁路福建段开工建设，漳州南站为沿途车站。2009年5月，漳州南站开工建设，车站位于漳州市龙海市颜厝镇。2010年9月，漳州南站主体工程完工。2011年7月，漳州南站改名为漳州站。2012年6月，龙厦铁路竣工通车，漳州站投入使用。2013年12月，厦深铁路竣工通车，漳州站成为龙厦铁路与厦深铁路的枢纽站。2017年1月，福厦高速铁路动工建设，漳州站为线路的南端车站。2018年7月，漳州站改造工程正式启动；同年8月6日，漳州站交通组织提升改造工程启动； 同年12月16日，漳州站交通组织提升改造工程完工。2019年12月30日起，漳州站开始推行电子客票，旅客无需取票，刷证即可乘车。