2006年6月16日，因浙赣铁路进行电气化改造，诸暨站搬迁至现址。2014年12月10日，杭长高速铁路（沪昆高速铁路杭长段）通车，诸暨站开行了高速动车组列车。2016年9月10日起，诸暨站开行始发前往杭州东站的早晚动车组列车G7327/7328次列车（早间开行，冠名“西施号”。开通时车次为G7317/7318次）一对半，和晚间开行的淮南东~诸暨~杭州东的G7685/7316次列车（为配合诸暨市“北承南接”政策 ）。2019年1月5日，原杭州东~北京南G36次列车单向延长至诸暨站始发，取代原G7328次列车。2019年11月20日，第二批电子客票应用推广工作启动，诸暨站迈入电子客票时代。2020年6月20日起，诸暨站全面实施电子客票。