2009年9月，蚌埠南站正式动工。2010年7月，蚌埠南站的主体工程完工。2011年6月，蚌埠南站建成并随京沪高速铁路的开通而正式投入运营。2019年11月12日，蚌埠南站启动电子客票应用实施推广工作。蚌埠南站建筑风格渲染了水的特性；外装修全部采用玻璃幕墙，晶莹通透，清新明亮，在阳光下闪烁着点点微光，体现了车站“柔”的特性。蚌埠南站也有“刚”的一面；站房的屋盖是个灰白色的矩形体，稳重端庄；雨棚的棚面支撑体系采用连续的“V”形钢构架相连接，形成多个左右拉长的“W”形，让人感觉到一种锋芒和锐气。