菏泽东站总建筑面积约16万㎡，其中站房建筑面积6万㎡。站场共6台15线，设有鲁南（日兰）场和雄商场两个车场，其中鲁南场为3台8线，雄商场为3台7线。鲁南快速铁路客运通道曲阜经菏泽至兰考段分为菏泽至曲阜段和菏泽至兰考段。菏泽至曲阜段东接京沪高铁上的曲阜东站，与鲁南高铁曲阜至临沂段贯通，西到菏泽高铁站，途经牡丹区、定陶区、郓城县和巨野县，并新建巨野北站和菏泽东站。