南平市站为中型站，采用线侧平式布局及上进下出的组织流线；主体建筑地上三层、地下一层，采用钢筋混凝土框架结构，候车大厅屋盖为钢网架结构，雨棚采用有站台柱钢结构、现浇钢筋混凝土组合屋盖。售票区位于左侧的就是人工售票区；候车大厅中，有安检设备，上下两层的候车座位，2个检票区中通往站台的检票闸机。南平市站站前广场北侧武夷客运总站，枢纽站主站房一层面积达到1.4万平方米，可同时容纳5000人候车，设有15个人工售票窗口和5台自助售票取票机。南平市站拥有站场规模为3台7线，设置基本站台（450米×12米×1.25米)1座、岛式中间站台（450米×12米×1.25米）2座，7条股道，是合福高速铁路途经车站。